VecScreen; Membersihkan Sekuen dari Kontaminasi Vektor

Bagi Anda penggemar kloning tentu sering melakukan sekuen DNA plasmid rekombinan. Ini biasanya dilakukan untuk memverifikasi apakah insert yang kita klon sudah benar sesuai dengan yang kita inginkan dan mengecek apakah ada mutasi pada insert tersebut. Namun seringkali, hasil sequencing tersebut masih mengandung sekuen plasmid/vektor yang ikut terbaca.


Bagaimana cara membedakan sekuen plasmid/vektor dari insert? Ini penting karena jika kita ingin mempublikasikan sekuen plasmid rekombinan, maka harus dibersihkan terlebih dahulu dari sekuen vektornya, agar tidak terjadi ambiguitas. Cara yang paling mudah dan cepat adalah dengan bantuan VecScreen dari NCBI.


VecScreen adalah tools yang dapat mendeteksi adanya sekuen vektor/plasmid dengan cara BLAST (Basic Local Alignment Search Tools) terhadap database Univec yang berisi sekuen-sekuen vektor yang digunakan di seluruh dunia. Tools ini dapat diakses melalui www.ncbi.nlm.nih.gov secara gratis. Berikut ini langkah-langkahnya:


Buka situs VecScreen

Halaman input VecScreen

Masukkan sekuen plasmid rekombinan pada kotak yang tersedia
Anda dapat berlatih dengan contoh sekuen ini.


Klik tombol “RUN VECSREEN”


Tunggu beberapa saat hingga hasil BLAST VecScreen keluar, namun sebelumnya Anda dapat melakukan beberapa pengaturan jika diperlukan. Jika tidak langsung saja klik tombol “VIEW REPORT”.

Parameter untuk format hasil VecScreen

Halaman hasil VecScreen

Hasil BLAST akan menunjukkan pada kita bagian mana dari sekuen yang kita submit yang memiliki kemiripan dengan sekuen vektor yang ditunjukkan dengan grafik warna. Merah menunjukkan kemiripan yang kuat, ungu moderat sedangkan kuning lemah. Warna putih menunjukkan ketidakmiripan dengan sekuen-sekuen vektor pada database, sehingga bisa diduga kuat bahwa itu adalah sekuen insert kita.


Selanjutnya Anda dapat membuang sekuen vektor dari hasil analisa DNA sekuensing plasmid rekombinan Anda. Bagaimana, mudah kan?


sumber
http://sciencebiotech.net/vecscreen-membersihkan-sekuen-kontaminasi-vektor/#more-1430

Artikel Terkait:

Read more at http://lenterablogger.blogspot.com/2012/05/cara-buat-artikel-terkait-scroll-bar.html#O8DI5OjM5JsWXsFK.99